Jorge Martin, que lidera Francesco Bagnaia por três pontos na classificação do campeonato, terminou no topo com um tempo de um minuto e 27,748 segundos no Red Bull Ring.
Jorge Martin, com uma pequena lesão num dedo, terá a oportunidade de aumentar a sua vantagem no sprint deste sábado.
"Foi difícil. Ontem tinha um corte no dedo que pensei que ia melhorar, mas esta manhã estava muito doloroso. Deram-me pontos e, pelo menos, posso correr", disse Jorge Martin.
"Embora a condução não seja um grande problema, consegui trabalhar bem de manhã, mesmo que isso me esteja a incomodar um pouco. Mas agora sinto-me confiante para a noite. (Esta é) uma pista muito boa para mim", acrescentou.
Bagnaia estabeleceu o segundo melhor tempo, depois de dominar os treinos desta sexta-feira, com o seis vezes campeão de MotoGP, Marc Marquez, que está em quarto lugar no campeonato, a completar a primeira fila.
Aleix Espargaro foi o quarto mais rápido, com Jack Miller, Maverick Vinales e Enea Bastianini em quinto, sexto e sétimo, respetivamente.