Sinner falhou dois testes antidoping em março, mas foi ilibado das acusações e autorizado a continuar a jogar.
No entanto, a Agência Mundial Anti-Doping (WADA) disse no sábado que tinha apresentado um recurso e estava a tentar obter uma pena de até dois anos de suspensão para o italiano.
Djokovic disse que "compreende os sentimentos de muitos jogadores" que questionaram se foi o estatuto de Sinner que o protegeu do castigo.
Falando numa conferência de imprensa no Masters de Xangai, esta quarta-feira, o antigo número um mundial admitiu que deve ser "muito difícil" para o italiano.
"Penso que é bastante óbvio que temos um sistema que não funciona bem.... Há demasiadas inconsistências, demasiados organismos reguladores envolvidos e tudo isto não ajuda em nada o nosso desporto", disse Djokovic.
"Aconteça o que acontecer com esta questão, gostaria de a ver resolvida o mais rapidamente possível", acrescentou o sérvio.
As autoridades do ténis aceitaram a explicação de Sinner, de que quantidades vestigiais do esteroide entraram inadvertidamente no seu corpo através de um fisioterapeuta que utilizou um spray que continha o esteroide, para tratar um corte, e que depois forneceu ao jogador massagens e terapia desportiva.
O recurso da Agência Mundial Antidopagem (WADA) deu novo ânimo ao caso e Sinner disse que passou noites em claro sobre o assunto.
O jogador de 23 anos ultrapassou a controvérsia para vencer o Open dos Estados Unidos e também avançou para a final do Open da China, enfrentando Carlos Alcaraz.
"É impressionante o que (Sinner) está a fazer em todo o processo que se está a passar, o facto de estar a jogar a um nível tão elevado", disse Djokovic.
Tanto Sinner como Alcaraz irão para Xangai para o torneio Masters, onde estão entre os favoritos, juntamente com Djokovic.
O sérvio tem como objetivo conquistar o seu 100.º título de singulares - o que, segundo ele, constitui uma "motivação extra" - mas admitiu que tem "algum trabalho a fazer", uma vez que não tem jogado muitos torneios recentemente.
"Espero poder utilizar de alguma forma esta frescura e também a experiência anterior e os êxitos que tive", disse.
Djokovic é tetracampeão em Xangai, mas não joga neste torneio há cinco anos.
Quando lhe perguntaram qual era o segredo dos seus êxitos anteriores, riu-se: "Adoro bolinhos de massa e a língua chinesa, acho que isso ajuda!"