Rubiales foi criticado nas redes sociais por ter festejado com Hermoso durante a cerimónia de entrega de medalhas, depois de a Espanha ter vencido a Inglaterra por 1-0 e levantado o troféu pela primeira vez.
"Não gostei", disse a média espanhola Hermoso, uma transmissão ao vivo no Instagram após o jogo, embora ela estivesse a rir enquanto falava.
Mais tarde, Hermoso disse que o momento foi um "gesto natural de afeto".
"Foi um gesto mútuo totalmente espontâneo, devido à imensa alegria de ganhar um Campeonato do Mundo", disse Hermoso, em comentários transmitidos à AFP pela federação espanhola.
"O presidente e eu temos uma ótima relação, o seu comportamento com todos nós tem sido excelente e foi um gesto natural de afeto e gratidão. Um gesto de amizade e gratidão não pode ser tão exagerado, ganhámos um Campeonato do Mundo e não nos vamos desviar do que é importante", acrescentou a média espanhola.
A participação da Espanha no Campeonato do Mundo, recorde-se, foi manchada por uma polémica sobre a relação da federação e do treinador Jorge Vilda com as jogadoras.
Várias estrelas de topo fizeram parte de um protesto de 15 jogadoras contra a seleção nacional antes do torneio, embora muitas tenham cedido na sua posição e três tenham sido incluídas no plantel.
Rubiales era um firme apoiante de Vilda e a RFEF foi criticada pela sua posição forte contra as 15 jogadoras que protestaram.
Hermoso, que joga no Pachuca, do México, falhou um penálti na final, mas a Espanha conseguiu vencer com um golo de Olga Carmona, na primeira parte.
"Jogámos como queríamos jogar e ganhámos um Campeonato do Mundo", disse Hermoso, emocionada, em lágrimas, à estação de televisão espanhola La 1, depois do jogo.