Stuart Armstrong foi ao chão no final da segunda parte, após uma entrada do defesa húngaro Willi Orban, mas o árbitro argentino Facundo Tello não interveio.
"Foi 100 por cento penálti. Alguém tem de me explicar porque é que não foi penálti, porque senão acho que há algo de errado", disse Steve Clarke.
"Não percebo como é que o VAR pode olhar para aquilo e dizer que não foi penálti", acrescentou.
Kevin Csoboth marcou aos 90+10 minutos, depois de uma lesão arrepiante de Barnabas Varga, selando a eliminação da Escócia, que terminou no último lugar do Grupo A, com apenas um ponto.
"Foi sempre um jogo de um golo", disse Clarke.
"Não conseguimos marcar o golo, mas abrimo-nos no final para o tentar marcar. O sentimento mais importante é estar triste por toda a gente, pelos adeptos e pelo país, e os jogadores estão tão tristes como toda a gente", assumiu.