Kane, avançado do Bayern de Munique, sofreu uma lesão nas costas no final da época e só jogou os últimos 30 minutos da vitória de Inglaterra por 3-0 sobre a Bósnia-Herzegovina na segunda-feira, marcando o terceiro golo da equipa inglesa.
"O Toney vai estar envolvido no jogo de sexta-feira, mas tenho de preparar o Harry Kane", disse Southgate, que tem de reduzir o plantel a 26 jogadores até sexta-feira.
"Por isso, por vezes, as prioridades do que é necessário e do que também gostaríamos de ver, não é possível atingir todos esses objetivos", acrescentou.
Southgate disse que o jogo de sexta-feira em Wembley assume uma importância acrescida por ser o último aquecimento para o Euro-2024 na Alemanha.
"Queremos aproveitar o desempenho (de segunda-feira), fisicamente é um jogo importante para os jogadores", acrescentou.
"Mesmo para os jogadores que já jogaram muito futebol, ainda precisam de ritmo de jogo. A sexta-feira torna-se um exercício importante para nós", concluiu.
A Inglaterra inicia o Europeu a 16 de junho contra a Sérvia no Grupo C.