O treinador de 60 anos, que interrompeu as suas funções em fevereiro, antes de entrar oficialmente em licença médica em março, optou por dar prioridade à sua saúde e a passar tempo com a sua família, acrescentou o clube da terceira divisão inglesa.
"Pessoalmente, gostaria de felicitar o Tony por nos ter informado da sua decisão tão cedo após o final da época", declarou o diretor executivo do Birmingham City, Garry Cook, em comunicado.
"Esta decisão dá-nos a oportunidade de levar a cabo um processo de busca rigoroso para identificar o líder certo para levar o nosso clube para a frente e ter essa pessoa no lugar antes do início da pré-época", acrescentou o dirigente.
Mowbray entrou para o Birmingham em janeiro, após a demissão de Wayne Rooney, e venceu quatro dos oito jogos que disputou, nomeadamente os jogos consecutivos do Championship (segundo escalão) contra o Blackburn Rovers e o Sunderland.
O Birmingham tinha nomeado Gary Rowett como treinador interino para os restantes oito jogos da época. A equipa foi despromovida à League One, apesar de ter vencido o Norwich City na última jornada.