Filipe Gonçalves começou a carreira de treinador como adjunto, tendo passado pela formação do Sporting Espinho e do Lusitânia Lourosa. A estreia como técnico principal aconteceu na última época, no comando do Valadares Gaia. Agora salta para a Sanjoanense, onde terá na equipa técnica Bruno Aguiar, André Marinho e Samuel Nunes, como adjuntos, bem como Bruno Vale, como treinador de guarda-redes.
"Foi, para mim e para a minha equipa técnica, um orgulho tremendo saber desta oportunidade na AD Sanjoanense, um clube histórico, com 100 anos e que nos últimos anos tem lançado muitos jogadores e treinadores. É um clube com adeptos fervorosos e encaramos esta oportunidade com um orgulho muito grande, sabendo também que é um grande desafio", afirmou Filipe Gonçalves na apresentação.