As bandeiras, que ascendiam a centenas, foram consideradas "mensagens provocatórias de caráter ofensivo", declarou a UEFA em comunicado.
Os adeptos, que tinham sido avisados pelo clube escocês para não exibirem bandeiras antes do jogo de 25 de outubro, podiam ser ouvidos a cantar "You'll Never Walk Alone" enquanto seguravam as bandeiras palestinianas, num vídeo amplamente partilhado no Instagram.
Os adeptos também soltaram duas grandes bandeiras no Celtic Park com os dizeres "Libertem a Palestina" e "Vitória para a Resistência".
O governo de Gaza, dirigido pelo Hamas, diz que pelo menos 13.300 palestinianos foram mortos, incluindo pelo menos 5.600 crianças, na guerra com Israel.
O Celtic está em quarto lugar no Grupo E da Liga dos Campeões, com um ponto após quatro jogos.
A equipa escocesa foi ainda multada em 10 000 libras (11.451 euros) por ter bloqueado a passagem dos adeptos e utilizado material pirotécnico.