Stones está de fora desde que sofreu uma lesão muscular na pré-época e o Manchester City também não conta com o médio Bernardo Silva e tem Rodri a cumprir uma pena de três jogos, enquanto Kevin De Bruyne está lesionado há muito tempo.
"Ele está melhor, muito melhor", disse Guardiola sobre Stones: "Sente-se muito bem, a treinar sozinho, mas talvez na próxima semana ou depois de Leipzig seja titular."
O City joga contra o RB Leipzig na fase de grupos da Liga dos Campeões na quarta-feira, antes de viajar para o Arsenal na Premier League em 8 de outubro. Com um registo de 100% na Premier League esta época e é favorito para a sétima vitória consecutiva, apesar de ter perdido por 1-0 para o Newcastle United na terceira ronda da Taça da Liga, na quarta-feira.
Guardiola disse que o City não será afetado negativamente por essa derrota.
"Ganha-se jogos, perde-se jogos. Ficámos desiludidos no dia seguinte, mas agora concentramo-nos no próximo", afirmou.
Questionado sobre se o jogo foi fácil para o líder do campeonato, o espanhol respondeu com algum sarcasmo: "Normalmente, todos os jogos que disputamos são fáceis. Se não ganharmos a Premier League por 10 pontos em novembro é um desastre".
Guardiola disse ter um "respeito incrível" pela equipa de Gary O'Neil, que já perdeu em casa com o Liverpool, segundo classificado, e o Brighton, terceiro, e está agora no 16.º lugar, com quatro pontos.
"Temos sempre dificuldades com o Wolves", acrescentou.
Sobre a competição por um lugar na ala esquerda entre Jack Grealish, Jeremy Doku e Phil Foden, o treinador disse: "Os jogadores que competirem melhor terão mais oportunidades de jogar. Tem sido sempre assim".