Stones sofreu uma lesão muscular durante os treinos de pré-época e não participou nas vitórias sobre o Burnley, o Sevilha e o Newcastle United.
A próxima pausa internacional decorre de 4 a 12 de setembro e Stones deverá falhar os jogos contra o Sheffield United e o Fulham, agendados para domingo e 2 de setembro, respetivamente.
Guardiola enfrenta problemas adicionais de lesão, com o médio belga Kevin De Bruyne afastado por pelo menos quatro meses depois de sofrer uma lesão no tendão durante a vitória do City sobre o Burnley (3-0) no jogo de abertura da época da Premier League.
"Vamos precisar de toda a gente para este calendário. Temos de regressar como as pessoas (adeptos do City) regressam. Stones só estará pronto depois da pausa internacional", disse o espanhol aos jornalistas.
Os citizens perderam jogadores influentes, como o extremo argelino Riyad Mahrez, que saiu depois de um período repleto de troféus para se juntar ao Al-Ahli, da Liga Profissional Saudita.
O antigo capitão do City, Ilkay Gundogan, também se juntou ao gigante da LaLiga, o Barcelona, e Guardiola disse que "o clube terá de tomar algumas decisões importantes sobre o plantel" devido às saídas inesperadas e às lesões.
O City venceu o Sevilha nos penáltis para garantir o seu primeiro título da Supertaça da UEFA na semana passada e Guardiola disse estar impressionado com os seus jogadores após um início perfeito da nova campanha, apesar de um calendário agitado.
"Já ganhámos um título, temos seis pontos em seis, marcámos golos e não concedemos muitas oportunidades contra o Burnley ou contra o Newcastle... Descansar e ir para outro, para outro jogo. Quando isso acontece, é porque a equipa é muito especial. Caso contrário, não podemos fazer o que temos feito há muitos anos. É impossível. (O jogo com o Newcastle) surpreendeu-me e deixou-me muito feliz porque ainda está tudo bem - temos de dar o nosso melhor todos os dias (e) eles fizeram-no. Foi muito, muito bom", acrescentou Guardiola.