A seleção africana, sete vezes campeã de África, perdeu por 7-8 nos penáltis para a República Democrática do Congo, depois de um empate (1-1) após prolongamento em San Pedro.
A República Democrática do Congo teve a maioria das oportunidades e poderia ter resolvido o jogo no prolongamento, quando o Egito ficou reduzido a 10 jogadores, depois de Mohamed Hamdy ter sido expulso por ter cometido uma segunda infração passível de cartão amarelo.
Rui Vitória atribuiu a derrota ao azar, dizendo que no futebol há "momentos felizes e tristes".
"Por vezes, damos o nosso melhor, mas o resultado não vem como esperamos", disse o treinador portuguÊs aos jornalistas.
O Egito foi eliminado da CAN sem qualquer vitória, depois de ter passado à fase a eliminar com três empates por 2-2 no seu grupo.
Para isso, perdeu alguns jogadores importantes por lesão, como o craque Mohamed Salah e o guarda-redes titular Mohamed El Shenawy.
As más exibições na Costa do Marfim contrastaram com a boa fase vivida sob o comando de Rui Vitória antes do torneio. O Egito venceu 12 vezes em 14 jogos sob o comando do treinador português de 53 anos, antes de ir para a Taça das Nações, tendo perdido apenas uma vez.
"Rui Vitória é o principal responsável pela eliminação do Egito", disse à beIN Sports o antigo defesa Wael Gomaa, que conquistou três títulos da Taça das Nações de 2006 a 2010.
"Ele trouxe ao de cima o pior dos jogadores e faltou-lhe um toque criativo. Era suposto chegarmos pelo menos às meias-finais porque o nosso caminho era mais fácil do que o dos concorrentes", acrescentou Gomaa.