O piloto de 31 anos foi oito décimos de segundo mais rápido que o compatriota e estreante de 20 anos da Red Bull GasGas Tech3, Pedro Acosta. O duas vezes campeão de MotoGP Francesco Bagnaia, líder do campeonato do mundo, completou a primeira linha.
A pole foi a 94.ª da carreira de Marquez e a segunda da época.
"Sinto-me muito bem e isso é o mais importante", disse Márquez.
"É verdade que os oito décimos parecem muito, mas não podemos esquecer que noutras pistas de corrida fiquei a oito décimos da pole", lembrou.
"Agora precisamos de gerir a nossa confiança e manter a mesma mentalidade porque a pista é bastante escorregadia e é fácil cometer erros. Por isso, vamos ver se nos conseguimos concentrar de uma boa forma", acrescentou Márquez.
O candidato ao título Jorge Martin ficou em quarto lugar, depois de ter caído no início da segunda sessão de qualificação em Alcaniz. O irmão de Márquez e colega de equipa, Alex, foi quinto.
Enea Bastianini, terceiro no campeonato, teve uma manhã frustrante depois de o piloto italiano da Ducati ter terminado em quarto na primeira sessão de qualificação. Ele vai começar em 14.º no sprint de sábado e na corrida de domingo.
Com o tempo de 1:48.550 minutos, Miguel Oliveira, piloto português da Trackhouse, foi o melhor dos pilotos ligados à Aprilia.
O Grande Prémio de Aragão realiza-se neste domingo a partir das 14:00 de Portugal continental.