Os dois estavam a lutar pelo terceiro lugar, com Pérez à espera de conseguir o segundo lugar no seu circuito favorito, quando entraram em contacto na curva 2 e acabaram no muro.
"É um desastre para o campeonato", disse Pérez, que não sobe ao pódio desde a China em abril e deixa Baku em oitavo lugar na classificação geral, e 170 pontos atrás do companheiro de equipa, Max Verstappen.
"Na minha opinião, Carlos moveu-se demasiado rápido para seguir o reboque de Charles", acrescentou o mexicano, que tinha tentado passar Charles Leclerc da Ferrari para segundo, mas caiu para quarto quando Sainz passou.
"Foi na hora errada, no momento errado e resultou numa enorme batida", acrescentou.
Sainz disse aos jornalistas, depois de ver os comissários, que estava contente por os dois não terem sofrido ferimentos e recusou-se a assumir a culpa pelo que chamou de contacto inesperado.
"Não fiz nenhuma manobra irregular, nenhuma manobra agressiva com o Checo (Pérez) ou algo do género, e por alguma razão que ainda não compreendo, colidimos e foi o fim", disse.
"Estou 100 por cento convencido de que não fiz nada de errado nem nada de agressivo", acrescentou Carlos Sainz.
O chefe de equipa da Red Bull, Christian Horner, disse que Pérez merecia muito mais.
"Estava a ver a repetição e podemos ver o Carlos a começar a desviar-se pelo circuito, o que é muito, muito dececionante", acrescentou.
"Ele (Pérez) deveria, no mínimo, ter estado no pódio hoje. Destruiu a corrida para o Checo hoje. Custou-nos muitos danos e, obviamente, pontos vitais no campeonato de construtores", lamentou Horner.
A Red Bull ficou 20 pontos atrás da McLaren, que venceu com o australiano Oscar Piastri, com sete grandes prêmios e três sprints restantes. Foi a primeira vez desde o início de 2022 que a Red Bull não liderou o campeonato.
Sainz e Pérez já tinham entrado em confronto durante o fim de semana, tendo cada um visitado os comissários de pista por ter impedido o outro nos treinos.
Pérez recebeu uma advertência por ter impedido Sainz no sábado, e Sainz recebeu a mesma advertência por ter atrasado o mexicano na sexta-feira.
"Acho que é a terceira vez. Agora acabaram o trabalho", comentou Piastri, enquanto via a repetição da colisão na sala de arrefecimento.