Um dia depois da sua vitória de quatro horas, nos quartos de final, o 22 vezes campeão do Grand Slam foi novamente testado por Ajdukovic, o número 130 do mundo, que tinha vencido apenas dois jogos de nível turístico antes desta semana.
O espanhol recuperou da derrota no primeiro set e venceu por 4-6, 6-3 e 6-4, regressando à final de um torneio que ganhou quando era adolescente, na sua última participação em 2005.
"Foi um jogo muito duro. Honestamente, foi muito difícil, mas encontrei uma forma de sobreviver e chegar à final, depois de muito tempo sem estar numa final, por isso são ótimas notícias e estou muito feliz com isso", disse Nadal.
No domingo, Nadal vai defrontar o português Nuno Borges, sétimo cabeça de série, em busca do 93.º título de singulares da sua carreira.
O seu mais recente triunfo aconteceu há dois anos em Roland Garros, quando ganhou o torneio pela 14.ª vez, um recorde.
"É sempre uma ótima sensação estar de volta à final. Ganhei quatro jogos seguidos, algo que não conseguia fazer desde há dois anos", disse Nadal, cuja classificação caiu para 261 após uma série de lesões.
"Aconteceram muitas coisas... Ainda estou a recuperar muitas coisas que perdi porque fui operado à anca há quase um ano, por isso as coisas não estão a ser fáceis. Mas estou a lutar. Lutei durante todo o torneio para estar onde estou hoje. Jogos como os de ontem e de hoje ajudam a melhorar muitas coisas no court, por isso estou contente com isso. Vamos ver se amanhã consigo jogar um pouco melhor", afirmou o espanhol.
Nadal teve dificuldades no início da partida contra Ajdukovic, com 3-0 e um duplo break de desvantagem no primeiro set, mas recuperou com dois breaks no segundo, depois de mais um mau começo.
O ex-número um mundial parecia ter o controlo total no terceiro set, quando ganhou por 3-0, mas perdeu o serviço por duas vezes consecutivas, repetindo o tropeção que quase o custou na sexta-feira.
Voltou a quebrar no sétimo jogo e depois resistiu a mais dois break points no jogo seguinte, acabando por garantir a vitória com uma confortável vantagem dois jogos depois.
Nadal está a usar o evento em Bastad como uma preparação para os Jogos Olímpicos, onde o ténis será jogado na terra batida de Roland Garros. Ganhou o ouro em singulares em Pequim em 2008 e o ouro em pares no Rio 2016.
Só voltou à ação esta semana, pela primeira vez desde que perdeu na primeira ronda do Open de França, no final de maio.
Nadal também deveria jogar em duplas este sábado, ao lado de Casper Ruud, mas anunciou que estava a desistir por precaução, depois de ter passado seis horas em court nos seus dois últimos jogos de singulares.